Neste sistema, os produtos metabólicos dos peixes são fontes de sais minerais, resultado da sua mineralização. Já em sua forma inorgânica, são absorvidos pelas plantas, possibilitando então o retorno de uma água com baixa concentração de sais e impurezas aos tanques de criação.
Macro partículas presentes na água, como restos de ração, excretas e partículas corporais são extraídas através de uma filtragem mecânica. Este processo se dá através da retirada da água do tanque de criação por uma bomba sucsora e a passagem da mesma por uma camada, que serve de sustentação para as plantas e também de filtro mecânico natural. Mas não são filtradas somente as macro partículas neste processo, pois esta camada de substrato é composta por um material de alta porosidade, servindo de ambiente para o desenvolvimento de bactérias responsáveis pela transformação de substâncias presentes na água, que são tóxicas aos peixes. A amônia é um exemplo destas substâncias. Sua liberação ocorre junto às excretas e por difusão passiva pelas guelras. A amônia é um subproduto metabólico normal, mas em altas concentrações ela se torna tóxica, por isso deve sofrer ação dos grupos de bactérias nitrificantes (Nitrosomonas transformam a Amônia em Nitrito, que é então transformado em Nitrato pelas Nitrobactérias). Sendo assim o substrato poroso das plantas é de extrema importância para ação destas bactérias, permitindo a purificação da água. Então já purificada, a água volta ao tanque de criação em forma de cascata, oxigenando o ambiente dos peixes.